El propiltiouracilo es generalmente bien tolerado, con efectos secundarios que se producen en uno de cada 100 pacientes. Los efectos secundarios más frecuentes están relacionados con la piel e incluyen erupción cutánea, picor, urticaria, pérdida anormal del cabello y pigmentación de la piel. Otros efectos secundarios comunes son hinchazón, náuseas, vómitos, ardor de estómago, pérdida del gusto, dolores articulares o musculares, entumecimiento y dolor de cabeza, reacciones alérgicas y blanqueamiento del cabello.
Sus efectos secundarios notables incluyen un riesgo de agranulocitosis y anemia aplásica. El 3 de junio de 2009, la FDA publicó una alerta «notificando a los profesionales sanitarios el riesgo de lesiones hepáticas graves, incluyendo insuficiencia hepática y muerte, con el uso de propiltiouracilo.» Como resultado, el propiltiouracilo ya no se recomienda en adultos no embarazados ni en niños como medicamento antitiroideo de primera línea.
Un posible efecto secundario es la agranulocitosis, una disminución de los glóbulos blancos en la sangre. Los síntomas y signos de la agranulocitosis incluyen lesiones infecciosas de la garganta, el tracto gastrointestinal y la piel con una sensación general de enfermedad y fiebre. También puede producirse una disminución de las plaquetas (trombocitopenia). Dado que las plaquetas son importantes para la coagulación de la sangre, la trombocitopenia puede provocar problemas de sangrado excesivo. Se sospecha que existen efectos secundarios y a veces se interrumpe la administración del medicamento si el paciente se queja de episodios recurrentes de dolor de garganta.
Otro efecto secundario potencialmente mortal es la insuficiencia hepática repentina, grave y fulminante que provoca la muerte o la necesidad de un trasplante de hígado, que se produce hasta en 1 de cada 10.000 personas que toman propiltiouracilo. A diferencia de la agranulocitosis, que se produce con mayor frecuencia en los tres primeros meses de tratamiento, este efecto secundario puede ocurrir en cualquier momento durante el tratamiento.
Embarazo
El propiltiouracilo está clasificado como medicamento de clase D en el embarazo. La clase D significa que hay evidencia positiva de riesgo para el feto humano. El beneficio materno puede superar el riesgo fetal en situaciones de riesgo vital. El PTU es preferible al metimazol (que también es de clase D) sólo en el primer trimestre del embarazo y en mujeres que puedan quedarse embarazadas, debido al mayor riesgo de teratogenicidad del metimazol durante la organogénesis crítica. En el segundo y tercer trimestre, este riesgo disminuye y se prefiere el uso de metimazol para evitar el riesgo de complicaciones hepáticas de la PTU en la madre.
El principal efecto sobre el feto del paso transplacentario de la PTU es la producción de un hipotiroidismo leve cuando el fármaco se utiliza cerca del término. Esto suele resolverse en pocos días sin tratamiento. El estado de hipotiroidismo puede observarse como un bocio en el recién nacido, y es el resultado del aumento de los niveles de tirotropina hipofisaria fetal. La incidencia de bocio fetal tras el tratamiento con PTU en los casos notificados es de aproximadamente el 12%.