El Mangekyo Sharingan es una forma avanzada del Sharingan que sólo ha sido activado completamente por un puñado de Uchiha. Se les señala como los ojos celestiales que ven la verdad de toda la creación sin obstrucción.
Un Mangekyo Sharingan se distingue de un Sharingan normal por su apariencia, que cambia la forma del sello tomoe. El diseño exacto difiere para cada usuario, aunque todos se asemejan a molinetes. Al principio se despierta por el trauma sufrido al presenciar la muerte de alguien cercano al usuario. todos los Uchiha han malinterpretado históricamente este criterio como la necesidad de que el usuario sea responsable de la muerte de la persona (amigo), y por esa razón desarrollaron la práctica de matar a sus amigos más cercanos para obtener el Mangekyo Sharingan. El Mangekyo de Obito se activó inmediatamente después de su trauma, mientras que, en Naruto Jinraiden, el Mangekyo de Sasuke no se activó hasta varias semanas después.
Mangekyo Sharingan Eterno. Los Mangekyo Eternos fusionan los diseños del Mangekyo original del trasplantado y del trasplantador. Sus habilidades basadas en el Mangekyo se hacen más fuertes y ya no sufren ningún efecto secundario negativo por el uso. Según Madara, el Mangekyo Sharingan Eterno es la prueba de que un Uchiha sigue buscando algo a pesar de experimentar las grandes pérdidas. Si los ojos evolucionan a este estado, el usuario conservará todas las técnicas anteriores de sus ojos originales. Además de las técnicas únicas, la forma tomoe recta del Mangekyo Sharingan Eterno de Madara y Sasuke les otorga fluidez en sus movimientos al luchar.
1 – Itachi Uchiha
Itachi Uchiha despertó su Mangekyo Sharingan tras presenciar el suicidio de su mejor amigo, Shisui Uchiha, poco antes de la Caída del Clan Uchiha. Con su Mangekyo izquierdo puede utilizar el Tsukuyomi, un genjutsu extremadamente poderoso que distorsiona la sensibilidad del tiempo de la víctima. Con su Mangekyo derecho puede utilizar el Amaterasu, creando llamas negras inextinguibles en el punto focal del usuario. Como ha despertado sus dos Mangekyo, puede utilizar el Susanoo. El uso del Mangekyo es particularmente debilitante para Itachi Uchiha, de tal manera que después de usarlo tres veces en un día ya no puede usar su Sharingan normal activo. Algún tiempo después de la muerte de Itachi, deseando el poder de matar a Naruto Uzumaki, Sasuke se hizo trasplantar los ojos de Itachi.
2 – Obito Uchiha
Obito Uchiha despertó su Mangekyo Sharingan tras la muerte de Rin durante la Tercera Guerra Mundial Shinobi; el propio Obito Uchiha sólo tenía su ojo derecho en ese momento, pero el suceso provocó que su Mangekyo despertara simultáneamente en Kakashi Hatake, que empuñó el ojo izquierdo de Obito. Ambos ojos tienen acceso a Kamui, pudiendo teletransportar a los objetivos hacia y desde la Dimensión de Kamui, aunque de maneras diferentes. El ojo derecho es capaz de utilizar el Kamui a corta distancia, teletransportando al usuario o a aquellos con los que está en contacto. Al teletransportar allí sólo partes del cuerpo, puede atravesar sin problemas otra materia. El ojo izquierdo es capaz de utilizar el Kamui de largo alcance, creando una barrera alrededor del objetivo que lo teletransporta. El ojo izquierdo también puede apuntar al propio usuario. Durante la 4 Guerra Mundial Shinobi, se descubrió que cada ojo es impermeable contra el Kamui de los demás.
Madara Uchiha roba el ojo de Kakashi Hatake para perseguir a Obito hasta la dimensión de Kamui. Allí, intercambia el ojo por el Rinnegan de Obito, devolviendo ambos ojos a su propietario original, que actualmente estaba poseído por el Zetsu Negro. Durante este breve período, el Zetsu Negro también obtuvo acceso a los dos poderes del Sharingan. Después de que Obito se liberara del control del Zetsu Negro, los utilizó en combinación de forma efectiva a partir de entonces, pero los ojos fueron destruidos cuando fue asesinado por los Huesos de Ceniza Matadores de Kaguya Otsutsuki. Su espíritu regresa brevemente al plano de los vivos y habita en Kakashi, otorgándole ambos Mangekyo con sus respectivas habilidades y, por extensión, Susanoo.
3 – Madara Uchiha
Madara fue el primer Uchiha en despertar el Mangekyo Sharingan. Madara no sabía cuáles eran las habilidades individuales de cada uno de sus ojos, pero era capaz de utilizar el Susanoo. Cuando el uso excesivo de su Mangekyo por parte de Madara durante el Periodo de los Estados Combatientes le dejó ciego, esto hizo que su hermano, Izuna, legara a Madara sus ojos en su lecho de muerte para preservar a los Uchiha, concediendo así a Madara el Mangekyo Sharingan Eterno. El tomoe recto de su Mangekyo Sharingan Eterno le otorgaba fluidez en sus movimientos a la hora de luchar.
Hacia el final de su vida, Madara Uchiha fue capaz de evolucionar sus ojos en Rinnegan, que trasplantó a Nagato Uzumaki cuando éste era un niño sin que nadie lo supiera. Los ojos finalmente encontraron su camino de vuelta a Madara Uchiha después de ser revivido.