Independencia antes de la conquista
Los primeros namibios eran pueblos san, nómadas, con una cultura orientada a la supervivencia basada en la caza y la recolección. Sus clanes eran pequeños y rara vez se federaban, y su tecnología militar era tan débil que, incluso antes de la llegada de los europeos, habían sido relegados a los márgenes del desierto. Las pinturas rupestres y los grabados de Twyfelfontein, en el noroeste de Namibia, han arrojado luz sobre los primeros cazadores-recolectores san que habitaron la zona. Se representan artefactos de piedra, figuras humanas y animales como jirafas, rinocerontes y cebras. Twyfelfontein fue designado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 2007.
Los primeros conquistadores del sur de Namibia fueron los nama. Tenían un sistema de clanes más amplio, con alianzas entre clanes, y una economía de pastoreo. Estrechamente vinculados (normalmente en un papel dependiente) estaban los Damara, un pueblo del centro de África cuya cultura combinaba el pastoreo, la caza y la fundición de cobre. En el noreste y el centro de Namibia, los herero (un pueblo pastoril del centro de África) crearon sistemas de clanes interconectados que acabaron encabezados por un jefe supremo. Sin embargo, la unidad de la nación herero siempre estuvo sujeta a divisiones. En el norte, el pueblo ovambo desarrolló varios reinos a ambos lados del río Kunene. Eran agricultores mixtos (en gran parte debido a un entorno más hospitalario para los cultivos) y también fundían y trabajaban el cobre. Al este, los pueblos Kavango, emparentados con ellos, tenían un sistema estatal algo similar pero más débil. En los márgenes de Namibia -es decir, en la franja de Caprivi, en el extremo oriental, y en los márgenes del Kalahari-, los pueblos y agrupaciones locales eran desprendimientos del sur de Zambia (barotse) y de Botsuana (tswana).
Hasta la década de 1860, el contacto y la penetración europeos fueron escasos. Diogo Cão y Bartolomeu Dias tocaron la costa de Namibia en 1486 y 1488, respectivamente, en camino y de regreso del Cabo de Buena Esperanza, pero prácticamente no hubo contacto hasta la década de 1670. Después de 1670 llegaron a Namibia exploradores afrikáner y comerciantes y colonos afrikáner hacia 1790, que acabaron por alcanzar los límites meridionales de los reinos ovambo, sobre todo en el Pan de Etosha. Ellos -junto con los misioneros alemanes, los exploradores de diversas nacionalidades, los comerciantes británicos y los balleneros noruegos- no desempeñaron un papel dominante antes de 1860. En cambio, crearon las primeras vías de comercio (marfil y más tarde ganado) e introdujeron las armas de fuego.
Estas últimas aumentaron la destructividad de los conflictos entre los distintos clanes y pueblos. También lo hizo la llegada, después del primer cuarto del siglo XIX, de los Oorlam-Nama del Cabo. Su tecnología militar (que incluía caballos, armas de fuego y un pequeño modelo de organización de comandos móviles) se basaba en la de los afrikáners. Llegaron a dominar a los Nama (Nación Roja) residentes y a los Damara. A mediados del siglo XIX, el jefe de los Oorlam, Jonker Afrikaner, estableció cerca de Windhoek un reino gobernado por los Oorlam pero en parte por los Herero y apoyado por la Nación Roja y los Damara.
El centro de Namibia era entonces una zona de conflicto entre los Herero, que se desplazaban hacia el sur, y los Nama, que emigraban hacia el norte. En 1870 se firmó un tratado de paz con los alemanes en la frontera del país herero. Mientras tanto, en gran medida como resultado de las presiones de la guerra, Maherero se había convertido en el jefe supremo de los herero. En esta época, una comunidad criolla sudafricana («de color»), los Rehoboth Basters, había emigrado a un territorio al sur de Windhoek, donde servían de amortiguador entre los herero y los alemanes. Al igual que los Oorlam, estaban europeizados tanto en la tecnología militar como en la sociedad civil y la organización estatal, que fueron copiadas de los afrikaners.