La reacción global para la descomposición del glucógeno en glucosa-1-fosfato es:
glucógeno(n residuos) + Pi ⇌ glucógeno(n-1 residuos) + glucosa-1-fosfato
Aquí, la glucógeno fosforilasa escinde el enlace que une un residuo terminal de glucosa a una rama de glucógeno mediante la sustitución de un grupo fosforilo por el enlace α.
La glucosa-1-fosfato se convierte en glucosa-6-fosfato (que suele acabar en la glucólisis) por la enzima fosfoglucomutasa.
Los residuos de glucosa se fosforilan de las ramas del glucógeno hasta cuatro residuos antes de una glucosa ramificada con un enlace α. La enzima desramificadora del glucógeno transfiere entonces tres de las cuatro unidades de glucosa restantes al final de otra rama de glucógeno. Esto expone el punto de ramificación α, que es hidrolizado por la α glucosidasa, eliminando el último residuo de glucosa de la rama como una molécula de glucosa y eliminando la rama. Este es el único caso en el que un metabolito del glucógeno no es glucosa-1-fosfato. La glucosa es posteriormente fosforilada a glucosa-6-fosfato por la hexoquinasa.