La eliminación de la flatulencia es un problema práctico difícil asociado al consumo de soja, así como de otras legumbres alimenticias y otros alimentos seleccionados. El problema se ve agravado por la variabilidad de la susceptibilidad entre los individuos. La investigación ha establecido que los oligosacáridos -verbascosa, estaquiosa y rafinosa- son la principal causa de la flatulencia de la soja. Escapan a la digestión y son fermentados por la microflora intestinal para formar cantidades excesivas de dióxido de carbono e hidrógeno. El tratamiento con agua caliente, la extracción con alcohol acuoso y los procesos de precipitación isoeléctrica de proteínas se han adaptado para producir productos libres de flatus comercialmente. A nivel doméstico, el remojo combinado con la germinación parece ser un medio práctico para producir brotes de soja con baja actividad de flatos. Las legumbres alimentarias, entre las que se encuentran algunas semillas oleaginosas, guisantes y judías, así como algunas verduras, contienen una cantidad suficiente de oligosacáridos -verbosa, estaquiosa, rafinosa- para ser una de las principales causas de flatulencia en humanos y animales. En ausencia de alfa-galactosidasas en la mucosa intestinal de los mamíferos, estos oligosacáridos escapan a la digestión y no se absorben. Como consecuencia, la microflora activa del íleon, el colon y la materia fecal del intestino grueso los fermenta para formar niveles excesivos de gas rectal, principalmente dióxido de carbono e hidrógeno. En algunos casos, el almidón no digerido y otros carbohidratos contribuyen al efecto flatulento de las dietas. Dado que el 70% de la población mundial presenta una deficiencia de lactasa (hipolactasia), la susceptibilidad a la flatulencia estaría más extendida con dietas que contengan tanto legumbres alimentarias como productos lácteos.
El uso de aditivos alimentarios, antibióticos y compuestos fenólicos para inhibir la flatulencia no es un enfoque práctico. Sin embargo, la tecnología de procesamiento de la soja utilizada para fabricar concentrados y aislados de proteínas puede adaptarse para producir productos sin flatulencia a partir de otras legumbres alimentarias. El tratamiento con agua caliente, la extracción con alcohol acuoso o la precipitación isoeléctrica de proteínas insolubilizan la mayor parte de la proteína y eliminan los oligosacáridos. El tempeh y el tofu son otros dos productos de la soja que presentan poca o ninguna actividad flatulenta. El remojo, la fermentación, la hidrólisis enzimática y la germinación también pueden utilizarse para eliminar los oligosacáridos. Las pruebas realizadas con humanos y ratas indican que se puede utilizar una combinación de estos procesos para reducir la actividad del flato. Los efectos beneficiosos de la germinación sobre la flatulencia, a menudo conflictivos y contradictorios, se han atribuido a la falta de control de las condiciones que garantizan la eliminación de la mayoría de los oligosacáridos. Se desconoce si los polisacáridos de alto peso molecular de la soja (fibra dietética), que normalmente no causan flatulencia, pueden modificarse durante la germinación para convertirse en sustratos para la producción de flatos por la microflora intestinal. Tal efecto podría compensar la pérdida de estaquiosa y rafinosa.