Las enfermedades tiroideas autoinmunes son los trastornos autoinmunes órgano-específicos más comunes que afectan del 5% al 10% de la población en los países occidentales. La presentación clínica varía desde el hipertiroidismo en la enfermedad de Graves hasta el hipotiroidismo en la tiroiditis de Hashimoto. Aunque se desconoce la etiología exacta de la autoinmunidad tiroidea, la interacción entre la susceptibilidad genética y los factores ambientales parece tener una importancia fundamental para iniciar el proceso de autoinmunidad tiroidea. Los genes identificados de susceptibilidad a la enfermedad tiroidea autoinmune incluyen genes inmunomoduladores, como el complejo mayor de histocompatibilidad, y genes específicos del tiroides, como el receptor de TSH, la tiroglobulina y la peroxidasa tiroidea. La mayoría de los anticuerpos anti-TSH-receptor tienen una capacidad estimulante y son responsables del hipertiroidismo. Los anticuerpos antitiroglobulina y antiperoxidasa tiroidea, que pertenecen al tipo catalítico de anticuerpos, destruyen los tirocitos y provocan hipotiroidismo. La aparición de anticuerpos antiperoxidasa tiroidea precede a la inducción de la tiroiditis y a la manifestación del hipotiroidismo. El análisis molecular del polimorfismo del gen de la tiroglobulina es importante en el mecanismo de la tiroiditis autoinmune. La presentación del autoantígeno por las moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad es un punto clave del mecanismo autoinmune. Se ha demostrado que una variante del HLA-DR que contiene arginina en la posición 74 de la cadena DRβ1 confiere una fuerte susceptibilidad genética a las enfermedades tiroideas autoinmunes, la enfermedad de Graves y la tiroiditis de Hashimoto, mientras que la glutamina en la posición DRβ1-74 es protectora. El péptido de tiroglobulina humana 2098 representa un aglutinante fuerte y específico de DRβ1-Arg74, mientras que un péptido de control no aglutinante, la tiroglobulina 2766, no consigue inducir esta respuesta. Además, la tiroglobulina 2098 estimuló las células T de individuos que eran positivos a los anticuerpos de tiroglobulina, lo que demuestra que la tiroglobulina 2098 es un péptido inmunogénico capaz de presentarse in vivo y de activar las células T en las enfermedades tiroideas autoinmunes. En conjunto, estos hallazgos sugieren que la tiroglobulina 2098, un aglutinante fuerte y específico del HLA-DRβ1-Arg74 asociado a la enfermedad, es un importante epítopo de las células T humanas y participa en el patomecanismo de la enfermedad tiroidea autoinmune. La naturaleza exacta del papel de los factores ambientales en la enfermedad tiroidea autoinmune aún no se conoce bien, pero se ha informado de la importancia de varios factores como el yodo, los fármacos y las infecciones. Un mayor conocimiento de los mecanismos precisos de interacción entre los factores ambientales y los genes en la inducción de la autoinmunidad tiroidea podría dar lugar al desarrollo de nuevas estrategias de diagnóstico, prevención y tratamiento.