La Conferencia de Liderazgo Cristiano del Sur (SCLC) se creó el 10 y 11 de enero de 1957, cuando sesenta ministros negros y líderes de los derechos civiles se reunieron en Atlanta, Georgia, en un esfuerzo por replicar la exitosa estrategia y táctica del recientemente concluido boicot de autobuses de Montgomery, Alabama. El reverendo Martin Luther King Jr. fue elegido como primer presidente de este nuevo grupo dedicado a abolir la segregación legalizada y a acabar con la privación de derechos de los negros del sur de forma no violenta. Más tarde, la SCLC se ocuparía de los problemas de la guerra y la pobreza.
La Conferencia de Liderazgo Cristiano del Sur tuvo dificultades durante sus comienzos, con un solo miembro del personal a tiempo completo, pero pronto se expandió con el movimiento de sentadas estudiantiles de 1960 y los Viajes por la Libertad de 1961. Durante esta época, la SCLC también recibió una subvención de la fundación para hacerse cargo del Proyecto de Educación Ciudadana de la Highlander Folk School y dinero de la fundación para financiar el trabajo de registro de votantes en el Sur.
En diciembre de 1961, la SCLC inició su primera campaña de acción directa en Albany, Georgia, con una serie de marchas para protestar contra la segregación y la discriminación. Sin embargo, debido a la falta de planificación y a las tensiones con el rival Comité Coordinador Estudiantil No Violento (SNCC), la campaña fue un fracaso. En 1963, el SCLC consiguió su primera victoria, la exitosa campaña de cuatro meses en Birmingham, Alabama. La campaña de Birmingham, que produjo la famosa «Carta desde la cárcel de Birmingham» de Martin Luther King, presentó al comisario de policía de Birmingham, «Bull» Connor, y a los manifestantes que eran intimidados con perros y mangueras de alta presión, y que en septiembre incluyó el asesinato de cuatro niñas en el atentado de la iglesia baptista de la calle 16 en septiembre de 1963, llevó finalmente al presidente John F. Kennedy a pedir una ley nacional de derechos civiles. El SCLC siguió organizando manifestaciones en 1964 en San Agustín, Florida, y en 1965 en Selma, Alabama. La campaña en Selma llevó a que el presidente Lyndon Johnson apoyara la aprobación de la Ley de Derecho al Voto de 1965.
Las dificultades financieras que la organización experimentó durante sus primeros años fueron reemplazadas por un ingreso anual que superaba los 1,5 millones de dólares y un personal a tiempo completo de unas 200 personas debido a su éxito en Birmingham y Selma. En agosto de 1965, tras los disturbios de Watts (Los Ángeles), la SCLC cambió su enfoque hacia la pobreza urbana en Chicago (Illinois), pero durante los dos años siguientes experimentó el fracaso y un descenso constante de la moral y la disciplina.
A finales de 1967, se lanzó la Campaña de los Pobres (PPC) para salvar el abismo económico entre negros y blancos y abordar el continuo problema de la pobreza en Estados Unidos. Se planeó una marcha sobre Washington en 1968, pero se vio ensombrecida por el asesinato del fundador de la SCLC, el Dr. Martin Luther King, el 4 de abril de 1968 en Memphis, Tennessee. La Campaña de los Pobres fracasó a pesar de que el sucesor de King, el reverendo Ralph David Abernathy, intentó continuar con el esfuerzo.
No obstante, tras la muerte de King, el SCLC siguió participando y ganando en el registro de votantes y ayudando en las protestas en el Sur. Aunque no es tan influyente como lo fue durante la década de 1960, sigue activa y abordando una amplia gama de cuestiones relacionadas con los derechos humanos. Martin Luther King III dirigió la organización entre 1997 y 2004. En octubre de 2009, Bernice King, hija del Dr. Martin Luther King, fue seleccionada para dirigir la SCLC. Es la primera mujer que ocupa el cargo.