Dirigir el Estado Mayor Conjunto
Cuando el presidente electo George Bush (1924-) le dijo a Powell que deseaba nombrar un nuevo asesor de seguridad nacional, Powell podría haber optado por dejar el ejército para obtener unos ingresos considerables dando conferencias o haciendo consultoría en el mundo empresarial. Sin embargo, Powell no se retiró. En lugar de ello, tras ser ascendido a general de cuerpo entero (un oficial del ejército que está por encima de un teniente general), se hizo cargo del Mando de Fuerzas del ejército. En este puesto era responsable de supervisar la preparación de más de un millón de efectivos de las fuerzas regulares, de reserva y de la Guardia Nacional de Estados Unidos. Powell asumió más responsabilidades cuando fue nombrado por el presidente Bush, en 1989, jefe del Estado Mayor Conjunto (JCS; el grupo encargado de dar información y asesoramiento militar al presidente, al secretario de Defensa y al Consejo de Seguridad Nacional). Powell fue el primer oficial negro en ocupar este puesto.
Como presidente del JCS, Powell desempeñó un papel clave en la invasión militar estadounidense de Panamá en diciembre de 1989 para derrocar al líder militar de ese país, Manuel Noriega (1938-). A principios de 1989, Noriega, que había estado en control del gobierno panameño desde 1983, había cancelado las elecciones presidenciales. Noriega también estaba involucrado en la compra y venta de drogas ilegales y otras actividades ilícitas. El gobierno estadounidense derrocó a Noriega en un esfuerzo por traer al líder a Estados Unidos para ser juzgado por cargos de drogas, para proteger a los estadounidenses y para devolver al pueblo panameño su libertad. Las apariciones televisivas en las que Powell explicaba el propósito de la operación lo llevaron a la atención favorable del público estadounidense.
Powell también fue muy visible durante la Operación Escudo del Desierto. Se trataba de un esfuerzo conjunto de Estados Unidos y varias otras naciones para presionar a Saddam Hussein (1937-), el presidente de la nación de Oriente Medio, Irak, para que retirara sus fuerzas del país vecino de Kuwait. Irak había ocupado Kuwait en agosto de 1990. Pronto se vio que esta operación, a diferencia de la de Panamá, tardaría meses en decidirse e implicaba el riesgo de altas bajas (muertes de soldados) si estallaba la guerra entre los iraquíes y las fuerzas internacionales.
La Operación Escudo del Desierto se convirtió en la Operación Tormenta del Desierto el 16 de enero de 1991, dando comienzo al conflicto de seis semanas que se conoció como la Guerra del Golfo Pérsico. Powell volvió a demostrar su liderazgo durante este tiempo, y el ejército iraquí fue rápidamente aplastado. Por su participación en esta guerra, Powell recibió la medalla de oro del Congreso.