La mayoría de los peces de acuario de agua dulce se desenvuelven bien en agua de blanda a moderadamente dura, y que tiene un pH entre 6 y 8.
Los acuarios de agua salobre son un caso especial y necesitan tanques comunitarios dedicados. Mientras que unos pocos peces de agua dulce y marina pueden adaptarse al agua salobre, la mayoría no puede.
El producto químico más mortal en el agua del acuario es el amoníaco, producido por las excreciones de los peces. Es importante analizar el amoníaco, ya que es un precursor químico de los nitritos y nitratos, también perjudiciales para los peces. El amoníaco se elimina del agua mediante el ciclo del nitrógeno, que tiene lugar dentro del filtro del acuario, que tarda unas semanas en empezar a procesar el amoníaco. El amoníaco procesado se convierte en nitrito, que a su vez se transforma en nitrato. Los cambios de agua semanales (25% del volumen del acuario), a la vez que se aspiran los residuos del fondo del acuario, pueden resolver este problema de acumulación de nitratos, siempre que el acuario no esté sobrecargado.
La acumulación de algas está relacionada en gran medida con el nivel de luz y el desequilibrio mineral. Un acuario cerca de una ventana es probable que se llene de algas. En las tiendas de acuarios hay un material conocido como «esponja de fosfato» que lixivia el fosfato del acuario y reduce el crecimiento de las algas. Además, plantas como el musgo de Java (no el helecho de Java) compiten con las algas por otro nutriente vegetal necesario, el nitrato, y reducen el crecimiento de las algas. El musgo de Java también forma una cubierta de suelo a lo largo del fondo del acuario.