Das Nebeneinander von US-Demokratie und imperialer Herrschaft über ein unterworfenes Volk war für die meisten Amerikaner so aufrüttelnd, dass von Anfang an die Ausbildung der Filipinos zur Selbstverwaltung und letztendlichen Unabhängigkeit – die Malolos-Republik wurde bequemerweise ignoriert – eine wesentliche Rationalisierung für die US-Hegemonie auf den Inseln war. Die politischen Differenzen zwischen den beiden großen politischen Parteien in den Vereinigten Staaten konzentrierten sich auf die Geschwindigkeit, mit der die Selbstverwaltung ausgeweitet werden sollte, und auf das Datum, an dem die Unabhängigkeit gewährt werden sollte.
Im Jahr 1899 schickte Präsident William McKinley eine fünfköpfige Untersuchungskommission unter der Leitung des Präsidenten der Cornell University, Jacob G. Schurman, auf die Philippinen. Schurman berichtete zurück, dass die Filipinos die endgültige Unabhängigkeit wünschten, aber dies hatte keinen unmittelbaren Einfluss auf die Politik. McKinley sandte 1900 die Zweite Philippinische Kommission unter William Howard Taft aus, die bis Juli 1901 eine zivile Regierung einrichtete.
Im Jahr 1907 wurde die Philippinische Kommission, die sowohl als Legislative als auch als Kabinett des Generalgouverneurs fungierte, zum Oberhaus eines Zweikammersystems. Die neue 80-köpfige philippinische Versammlung wurde direkt von einer etwas eingeschränkten Wählerschaft aus Ein-Mann-Distrikten gewählt und war damit die erste wählbare gesetzgebende Körperschaft in Südostasien. Als Generalgouverneur Francis B. Harrison 1913 eine philippinische Mehrheit in die Kommission berief, wurde die amerikanische Stimme im Gesetzgebungsprozess weiter reduziert.
Harrison war der einzige Generalgouverneur, der in den ersten 35 Jahren der US-Herrschaft von einem demokratischen Präsidenten ernannt wurde. Er war von Woodrow Wilson mit dem ausdrücklichen Auftrag entsandt worden, die Philippinen auf die endgültige Unabhängigkeit vorzubereiten, ein Ziel, das Wilson mit Begeisterung unterstützte. Während Harrisons Amtszeit beeilte sich der von den Demokraten kontrollierte Kongress in Washington, D.C., langjährige Wahlkampfversprechen zu erfüllen, die demselben Ziel dienten. Der Jones Act, der 1916 verabschiedet wurde, hätte ein definitives Datum für die Gewährung der Unabhängigkeit festgelegt, wenn der Senat sich durchgesetzt hätte, aber das Repräsentantenhaus verhinderte einen solchen Schritt. In seiner endgültigen Form besagte das Gesetz lediglich, dass es die „Absicht des Volkes der Vereinigten Staaten“ sei, die philippinische Unabhängigkeit anzuerkennen, „sobald dort eine stabile Regierung eingesetzt werden kann“. Seine größere Bedeutung lag darin, einen Meilenstein in der Entwicklung der philippinischen Autonomie zu setzen. Unter den Bestimmungen des Jones Act wurde die Kommission abgeschafft und durch einen 24-köpfigen Senat ersetzt, der fast vollständig gewählt wurde. Die Wählerschaft wurde auf alle männlichen Analphabeten erweitert.
Einige wesentliche Einschränkungen der philippinischen Autonomie blieben jedoch bestehen. Verteidigung und Außenpolitik blieben exklusive Vorrechte der USA. Die amerikanische Leitung der inneren Angelegenheiten der Philippinen wurde hauptsächlich durch den Generalgouverneur und die Exekutive der Inselregierung ausgeübt. Es gab kaum mehr als ein Jahrzehnt gründlicher US-Verwaltung auf den Inseln – eine zu kurze Zeit, um dauerhafte Muster zu etablieren. Während die Amerikaner 1903 51 Prozent des öffentlichen Dienstes stellten, waren es 1913 nur noch 29 Prozent und 1923 nur noch 6 Prozent. Bis 1916 diente die philippinische Dominanz in der Legislative und der Judikative auch dazu, die Rolle der Amerikaner in der Exekutive und der Verwaltung einzuschränken.
Bis 1925 war der einzige Amerikaner im Kabinett des Generalgouverneurs der Sekretär für das öffentliche Unterrichtswesen, der gleichzeitig der Generalleutnant war. Dies ist ein Indiz für den hohen Stellenwert, der der Bildung in der US-Politik eingeräumt wurde. In den ersten Jahren der US-Herrschaft kamen Hunderte von Schullehrern aus den Vereinigten Staaten. Aber philippinische Lehrer wurden so schnell ausgebildet, dass sie bis 1927 fast alle der 26.200 Lehrer an den öffentlichen Schulen stellten. Die Schulbevölkerung verfünffachte sich innerhalb einer Generation; Bildung verschlang die Hälfte der staatlichen Ausgaben auf allen Ebenen, und die Bildungschancen auf den Philippinen waren größer als in jeder anderen Kolonie Asiens.
Als Folge dieser pädagogischen Explosion verdoppelte sich die Alphabetisierung in den 1930er Jahren auf fast die Hälfte, und die gebildeten Filipinos erwarben eine gemeinsame Sprache und einen sprachlichen Schlüssel zur westlichen Zivilisation. Bis 1939 konnte etwa ein Viertel der Bevölkerung Englisch sprechen, ein größerer Anteil als bei jedem der einheimischen Dialekte. Vielleicht noch wichtiger war der neue Weg des sozialen Aufstiegs, den die Bildung bot. Die Bildungspolitik war der einzige erfolgreiche Versuch der USA, eine soziokulturelle Basis für politische Demokratie zu schaffen.
Die amerikanischen Versuche, wirtschaftliche Chancengleichheit zu schaffen, waren bescheidener und weniger erfolgreich. In einem überwiegend landwirtschaftlich geprägten Land ist die Struktur des Landbesitzes entscheidend. Der Trend zu größerer Eigentumskonzentration, der im 19. Jahrhundert begann, setzte sich in der amerikanischen Periode fort, trotz einiger rechtlicher Hindernisse. Riesige Plantagen in amerikanischem Besitz wurden verhindert, aber die gesetzlichen Beschränkungen hatten wenig Wirkung auf die politisch gut vernetzten Filipinos, die darauf aus waren, ein Vermögen anzuhäufen. Zwischen 1900 und 1935 verdoppelte sich der Prozentsatz der Farmer, die in Pachtverhältnissen lebten, und die Frustration der Pächter entlud sich in drei kleinen Rebellionen in Zentral-Luzon während der 1920er und 30er Jahre.
Auch die US-Handelspolitik war der Verbreitung wirtschaftlicher Macht nicht förderlich. Ab 1909 erlaubte der Payne-Aldrich Tariff Act den freien Eintritt philippinischer Produkte in den US-Markt, gleichzeitig wurden US-Produkte, meist Manufakturwaren, auf den Philippinen vom Zoll befreit. Der freie Fluss der U.S.-Importe war ein starkes Hindernis für das industrielle Wachstum der Philippinen. Die Exportlandwirtschaft, insbesondere Zucker, florierte auf dem geschützten US-Markt. Die Besitzer von Mühlen und großen Plantagen profitierten am meisten und stärkten so die politische Dominanz der Landelite.
Die Vorbereitung der Philippinen auf eine demokratische Selbstverwaltung durch die Amerikaner litt unter einem inhärenten Widerspruch, der zu dieser Zeit vielleicht nicht erkannt wurde. Die Übertragung von Regierungsverantwortung an diejenigen, die dazu fähig waren, war nicht vereinbar mit dem Aufbau einer sozialen und wirtschaftlichen Basis für die politische Demokratie. Selbstverwaltung bedeutete notwendigerweise die Übernahme von Macht durch jene Filipinos, die bereits in Führungspositionen der Gesellschaft waren. Aber diese Männer stammten größtenteils aus der Landelite; die Erhaltung ihrer politischen und wirtschaftlichen Position war unvereinbar mit der Herstellung von Chancengleichheit. Selbst die Ausweitung einer gebildeten Mittelschicht führte nicht unbedingt zu einer Veränderung der Machtverhältnisse. Die meisten Anwärter auf die politische Führung aus der Mittelschicht passten sich den Werten und Praktiken der bestehenden Machtelite an.
Die philippinischen Führer nutzten schnell und geschickt die Möglichkeiten der Selbstverwaltung, die ihnen die Amerikaner eröffneten. Das politische Genie der Filipinos spiegelte sich am besten in einer extralegalen Institution wider – der politischen Partei. Die erste Partei, die Federal Party, wurde von den USA unterstützt und betonte die Zusammenarbeit mit den Overlords, sogar bis hin zur Staatlichkeit für die Philippinen. Doch als bei den Wahlen 1907 offen nationalistische Appelle zugelassen wurden, gewann die Nacionalista Party, die für die Unabhängigkeit eintrat, mit überwältigender Mehrheit. Die Föderalisten überlebten mit einem neuen Namen, den Progressiven, und einer neuen Plattform, der ultimativen Unabhängigkeit nach sozialen Reformen. Aber weder die Progressiven noch ihre Nachfolger in den 1920er Jahren, die Demokraten, erreichten jemals mehr als ein Drittel der Sitze in der Legislative. Die Nacionalista Party unter der Führung von Manuel Quezon und Sergio Osmeña dominierte die philippinische Politik von 1907 bis zur Unabhängigkeit.
Bedeutender als der Wettbewerb zwischen den Nacionalistas und ihrer Opposition war die anhaltende Rivalität zwischen Quezon und Osmeña. Tatsächlich bietet das Verständnis dieses Persönlichkeitskonflikts mehr Einblick in die Realitäten der philippinischen Vorkriegspolitik als jede Untersuchung von Politik oder Ideologie.
Im Jahr 1933 verabschiedete der US-Kongress den Hare-Hawes-Cutting Act, der ein Datum für die philippinische Unabhängigkeit festlegte. Das Gesetz war eine Erfüllung des vagen Versprechens im Jones Act; es war auch eine Antwort auf die Forderungen einer Reihe von „Unabhängigkeitsmissionen“, die von der philippinischen Legislative nach Washington geschickt worden waren. Aber diese beispiellose Übertragung der Souveränität wurde in den dunklen Tagen der Großen Depression der 1930er Jahre beschlossen – und mit der Hilfe einiger unpassender Verbündeter. Die Depression hatte dazu geführt, dass amerikanische Agrarinteressen verzweifelt nach Erleichterung suchten, und diejenigen, die durch die Konkurrenz philippinischer Produkte real oder imaginär geschädigt wurden, versuchten, diese Produkte auszuschließen. Sie waren bereits mit einem direkten Versuch gescheitert, die Zölle auf philippinische Importe zu ändern, fanden aber, dass der respektable Mantel des Eintretens für die Unabhängigkeit die Effektivität ihrer Bemühungen erhöhte. Verbunden mit der Unabhängigkeit war das Ende des freien Zugangs zu den amerikanischen Märkten für philippinischen Zucker, Kokosnussöl, Seile und andere weniger wichtige Produkte. Dass diese wirtschaftlichen Interessen in der Lage waren, das zu erreichen, was sie taten, ist zum Teil durch die Tatsache erklärbar, dass ihr politisches Gewicht im Vergleich zu dem der kleinen Gruppe amerikanischer Händler und Investoren auf den Philippinen groß war.
Die philippinische Legislative lehnte den Hare-Hawes-Cutting Act ab, offenbar als Ergebnis der Osmeña-Quezon-Fehde, sehr zum Missfallen der amerikanischen Beamtenschaft. Aber als Quezon im folgenden Jahr nach Washington kam, um sich für ein neues Gesetz einzusetzen, kam ihm dieselbe Allianz von Kräften im US-Kongress entgegen, indem sie das fast identische Tydings-McDuffie-Gesetz produzierte. Von Quezon befürwortet und von der Legislative in Manila bereitwillig akzeptiert, sah es ein zehnjähriges Commonwealth vor, in dem die USA die Zuständigkeit für Verteidigung und Außenpolitik behalten sollten. Die Filipinos sollten ihre eigene Verfassung entwerfen, vorbehaltlich der Zustimmung des US-Präsidenten.
Ein Verfassungskonvent wurde schnell gewählt und eine Verfassung (die eine starke Ähnlichkeit mit dem US-Vorbild aufwies) wurde ausgearbeitet und durch eine Volksabstimmung und durch Präsident Franklin D. Roosevelt genehmigt. Der letzte Generalgouverneur, Frank Murphy, wurde der erste Hochkommissar, mit einer eher diplomatischen als regierenden Rolle. Das Commonwealth wurde am 15. November 1935 eingeweiht. Die Nacionalista Party legte ihre internen Streitigkeiten bei und nominierte Quezon als Präsident und Osmeña als Vizepräsident. Sie wurden mit überwältigender Mehrheit gewählt.
Die Zeit des Commonwealth sollte der Vorbereitung auf die wirtschaftliche und politische Unabhängigkeit und der Vervollkommnung der demokratischen Institutionen gewidmet sein. Doch schon vor den tragischen Ereignissen des Zweiten Weltkriegs verlief der Übergang nicht reibungslos.