Leiter der Joint Chiefs of Staff
Als der designierte Präsident George Bush (1924-) Powell mitteilte, dass er einen neuen nationalen Sicherheitsberater ernennen wolle, hätte Powell sich dafür entscheiden können, die Armee zu verlassen, um mit Vorträgen oder als Berater in der Geschäftswelt ein gutes Einkommen zu erzielen. Powell ging jedoch nicht in den Ruhestand. Stattdessen übernahm er, nachdem er zum General befördert worden war (ein Armeeoffizier, der über einem Generalleutnant steht), das Streitkräftekommando der Armee. In dieser Position war er für die Überwachung der Bereitschaft von über einer Million regulärer, Reserve- und Nationalgardeangehöriger in den Vereinigten Staaten verantwortlich. Powell übernahm mehr Verantwortung, als er 1989 von Präsident Bush zum Vorsitzenden der Joint Chiefs of Staff (JCS; die Gruppe, die für die Bereitstellung militärischer Informationen und die Beratung des Präsidenten, des Verteidigungsministers und des Nationalen Sicherheitsrats zuständig ist) ernannt wurde. Powell war der erste schwarze Offizier, der diesen Posten innehatte.
Als Vorsitzender des JCS spielte Powell eine Schlüsselrolle bei der amerikanischen Militärinvasion in Panama im Dezember 1989, um den militärischen Führer des Landes, Manuel Noriega (1938-), zu stürzen. Zuvor hatte Noriega, der die panamaische Regierung seit 1983 kontrollierte, 1989 die Präsidentschaftswahlen abgesagt. Noriega war auch in den Kauf und Verkauf von illegalen Drogen und andere ungesetzliche Aktivitäten verwickelt. Die US-Regierung stürzte Noriega in dem Bestreben, den Führer in die Vereinigten Staaten zu bringen, damit er wegen Drogenvergehen vor Gericht gestellt werden konnte, um Amerikaner zu schützen und dem panamaischen Volk seine Freiheit zurückzugeben. Fernsehauftritte, in denen Powell den Zweck der Operation erklärte, brachten ihm die wohlwollende Aufmerksamkeit der amerikanischen Öffentlichkeit.
Powell war auch während der Operation „Desert Shield“ sehr präsent. Dabei handelte es sich um eine gemeinsame Anstrengung der Vereinigten Staaten und mehrerer anderer Nationen, Saddam Hussein (1937-), den Präsidenten des nahöstlichen Staates Irak, unter Druck zu setzen, seine Truppen aus dem Nachbarland Kuwait abzuziehen. Der Irak hatte Kuwait im August 1990 besetzt. Es wurde bald klar, dass diese Operation, anders als die in Panama, Monate dauern würde und das Risiko hoher Verluste (Tod von Soldaten) beinhaltete, falls ein Krieg zwischen den Irakern und den internationalen Streitkräften ausbrechen würde.
Die Operation „Desert Shield“ wurde am 16. Januar 1991 zur Operation „Desert Storm“ und damit begann der sechswöchige Konflikt, der als Persischer Golfkrieg bekannt wurde. Auch in dieser Zeit bewies Powell seine Führungsqualitäten, und die irakische Armee wurde schnell zerschlagen. Für seine Rolle in diesem Krieg wurde Powell mit einer Goldmedaille des Kongresses ausgezeichnet.