Die Vermeidung von Blähungen ist ein anspruchsvolles praktisches Problem, das mit dem Verzehr von Sojabohnen sowie anderen Nahrungsleguminosen und anderen ausgewählten Lebensmitteln verbunden ist. Das Problem wird durch die Variabilität der Anfälligkeit bei einzelnen Personen noch verschärft. Die Forschung hat festgestellt, dass die Oligosaccharide – Verbascose, Stachyose und Raffinose – die Hauptursache für Blähungen in Sojabohnen sind. Sie entgehen der Verdauung und werden von der Darmmikroflora fermentiert, um übermäßige Mengen an Kohlendioxid und Wasserstoff zu bilden. Heißwasserbehandlung, wässrige Alkoholextraktion und isoelektrische Proteinausfällung wurden angepasst, um kommerziell flatusfreie Produkte herzustellen. Auf Haushaltsebene scheint das Einweichen in Kombination mit Keimung ein praktisches Mittel zur Herstellung von Sojasprossen mit geringer Flatusaktivität zu sein. Nahrungshülsenfrüchte, zu denen einige Ölsaaten, Erbsen und Bohnen sowie ausgewählte Gemüsesorten gehören, enthalten genügend Oligosaccharide – Verbascose, Stachyose, Raffinose -, um bei Mensch und Tier eine Hauptursache für Blähungen zu sein. In Abwesenheit von Alpha-Galaktosidasen in der Darmschleimhaut von Säugetieren entgehen diese Oligosaccharide der Verdauung und werden nicht resorbiert. Infolgedessen werden sie von der aktiven Mikroflora im Ileum, Kolon und den Fäkalien des Dickdarms fermentiert und bilden übermäßige Mengen an rektalem Gas, hauptsächlich Kohlendioxid und Wasserstoff. In einigen Fällen tragen unverdaute Stärke und andere Kohlenhydrate zur blähenden Wirkung von Diäten bei. Da 70 % der Weltbevölkerung einen Laktasemangel (Hypolaktasie) haben, wäre die Anfälligkeit für Blähungen bei einer Ernährung, die sowohl Nahrungshülsenfrüchte als auch Milchprodukte enthält, weiter verbreitet.
Die Verwendung von Lebensmittelzusatzstoffen, Antibiotika und phenolischen Verbindungen zur Hemmung von Blähungen ist kein praktischer Ansatz. Allerdings kann die Soja-Verarbeitungstechnologie, die zur Herstellung von Proteinkonzentraten und -isolaten verwendet wird, angepasst werden, um blähungsfreie Produkte aus anderen Nahrungsleguminosen herzustellen. Durch Heißwasserbehandlung, wässrige Alkoholextraktion oder isoelektrische Proteinfällung wird der größte Teil des Proteins unlöslich gemacht und die Oligosaccharide werden entfernt. Tempeh und Tofu sind zwei weitere Sojaprodukte, die keine oder nur eine geringe Flatusaktivität aufweisen. Einweichen, Fermentation, enzymatische Hydrolyse und Keimung können ebenfalls verwendet werden, um Oligosaccharide zu eliminieren. Tests mit Menschen und Ratten deuten darauf hin, dass eine Kombination solcher Verfahren zur Reduzierung der Flatusaktivität eingesetzt werden kann. Die oft widersprüchlichen positiven Auswirkungen der Keimung auf die Flatulenz wurden darauf zurückgeführt, dass die Bedingungen, die die Entfernung des größten Teils der Oligosaccharide gewährleisten, nicht kontrolliert werden konnten. Ob die hochmolekularen Sojabohnen-Polysaccharide (Ballaststoffe), die normalerweise keine Blähungen verursachen, während der Keimung modifiziert werden können, um Substrate für die Flatusproduktion durch die Darmmikroflora zu werden, ist nicht bekannt. Ein solcher Effekt könnte den Verlust von Stachyose und Raffinose kompensieren.