Das Mangekyo Sharingan ist eine fortgeschrittene Form des Sharingan, die nur von einer Handvoll Uchiha vollständig aktiviert wurde. Sie gelten als die himmlischen Augen, die die Wahrheit der gesamten Schöpfung ungehindert sehen können.
Ein Mangekyo Sharingan unterscheidet sich von einem normalen Sharingan durch sein Aussehen, das die Form des Tomoe-Siegels verändert. Das genaue Design ist bei jedem Anwender unterschiedlich, jedoch ähneln alle einem Windrädchen. Es wird anfangs durch das Trauma erweckt, das man erleidet, wenn man den Tod einer dem Anwender nahestehenden Person miterlebt. Alle Uchiha haben dieses Kriterium historisch gesehen so missverstanden, dass der Anwender für den Tod der Person (des Freundes) verantwortlich sein muss, und aus diesem Grund entwickelten sie die Praxis, ihre engsten Freunde zu töten, um das Mangekyo Sharingan zu erlangen. Obitos Mangekyo aktivierte sich sofort nach seinem Trauma, wohingegen Sasukes Mangekyo in Naruto Jinraiden erst einige Wochen später aktiviert wurde.
Ewiges Mangekyo Sharingan. Das Ewige Mangekyo verschmilzt die Designs des Transplantierenden und des ursprünglichen Mangekyo des Transplantierten. Ihre auf dem Mangekyo basierenden Fähigkeiten werden stärker und sie erleiden keine negativen Nebeneffekte mehr durch die Verwendung. Laut Madara ist das Ewige Mangekyo Sharingan der Beweis dafür, dass ein Uchiha trotz der großen Verluste weiterhin nach etwas strebt. Sollten sich die Augen zu diesem Zustand entwickeln, behält der Anwender alle seine bisherigen Techniken aus seinen ursprünglichen Augen. Zusätzlich zu den einzigartigen Techniken gewährt die gerade Tomoe-Form von Madaras und Sasukes Ewigem Mangekyo Sharingan ihnen flüssige Bewegungen im Kampf.
1 – Itachi Uchiha
Itachi Uchiha erweckte sein Mangekyo Sharingan, nachdem er Zeuge des Selbstmordes seines besten Freundes, Shisui Uchiha, kurz vor dem Untergang des Uchiha-Clans wurde. Mit seinem linken Mangekyo kann er das Tsukuyomi einsetzen, ein extrem mächtiges Genjutsu, das das Zeitempfinden des Opfers verzerrt. Mit seinem rechten Mangekyo kann er das Amaterasu einsetzen, das unauslöschliche schwarze Flammen im Brennpunkt des Anwenders erzeugt. Da er seine beiden Mangekyo erweckt hat, kann er Susanoo einsetzen. Die Verwendung des Mangekyo ist besonders schwächend für Itachi Uchiha, so dass er nach dreimaliger Verwendung an einem Tag sein normales Sharingan nicht mehr aktiv einsetzen kann. Einige Zeit nach Itachis Tod, in dem Wunsch, die Macht zu haben, Naruto Uzumaki zu töten, ließ sich Sasuke Itachis Augen transplantieren.
2 – Obito Uchiha
Obito Uchiha erweckte sein Mangekyo-Sharingan nach dem Tod von Rin während des Dritten Shinobi-Weltkriegs; Obito Uchiha selbst hatte zu diesem Zeitpunkt nur sein rechtes Auge, aber das Ereignis bewirkte, dass sein Mangekyo gleichzeitig in Kakashi Hatake erwachte, der Obitos linkes Auge trug. Beide Augen haben Zugriff auf Kamui und sind in der Lage, die Ziele in und aus Kamuis Dimension zu teleportieren, allerdings auf unterschiedliche Weise. Das rechte Auge ist in der Lage, Kamui aus nächster Nähe zu benutzen und den Anwender oder diejenigen, mit denen er in Kontakt ist, zu teleportieren. Indem sie nur Körperteile dorthin teleportieren, können sie faktisch nahtlos durch andere Materie hindurchgehen. Das linke Auge ist in der Lage, das Langstrecken-Kamui zu verwenden und eine Barriere um das Ziel zu erschaffen, die es teleportiert. Das linke Auge kann auch den Anwender selbst anvisieren. Während des 4. Shinobi-Weltkriegs wurde entdeckt, dass jedes Auge undurchlässig für das Kamui des anderen ist.
Madara Uchiha stiehlt Kakashi Hatake das Auge, um Obito in Kamuis Dimension zu verfolgen. Dort tauscht er das Auge gegen Obitos Rinnegan aus und gibt beide Augen an ihren ursprünglichen Besitzer zurück, der gerade vom Schwarzen Zetsu besessen war. Während dieser kurzen Zeit erhielt der Schwarze Zetsu auch Zugang zu beiden Sharingan-Kräften. Nachdem Obito von der Kontrolle des Schwarzen Zetsu befreit wurde, setzt er sie danach effektiv in Kombination ein, aber die Augen werden zerstört, als er von Kaguya Otsutsukis Alles tötenden Ascheknochen getötet wird. Sein Geist kehrt kurzzeitig auf die lebende Ebene zurück und bewohnt Kakashi, wodurch er beide Mangekyo mit ihren jeweiligen Fähigkeiten erhält und somit auch Susanoo.
3 – Madara Uchiha
Madara war der erste Uchiha, der das Mangekyo Sharingan erweckte. Madara wusste nicht, was die individuellen Fähigkeiten jedes seiner Augen waren, aber er war in der Lage, Susanoo zu benutzen. Als Madaras übermäßiger Gebrauch seines Mangekyo während der Periode der Streitenden Staaten ihn erblinden ließ, veranlasste dies seinen Bruder Izuna, Madara auf seinem Sterbebett seine Augen zu vermachen, um die Uchiha zu bewahren, wodurch Madara das Ewige Mangekyo Sharingan erhielt. Der gerade Tomoe seines Ewigen Mangekyo Sharingan gewährte ihm fließende Bewegungen im Kampf.
Gegen Ende seines Lebens konnte Madara Uchiha seine Augen zu Rinnegan entwickeln, das er Nagato Uzumaki verpflanzte, als Nagato noch ein Kind war, ohne dass jemand davon wusste. Die Augen fanden schließlich ihren Weg zurück zu Madara Uchiha, nachdem er wiederbelebt wurde.